近年来，高校科研事业在快速发展过程中，也出现了一些不规范问题。党中央、国务院对此高度重视，十八届中央纪委二次全会明确提出，要抓好高校学术诚信、科研经费等方面存在的突出问题。按照中央要求，教育部不断加强高校科研经费监管，规范科研行为，着力构建规范科研经费使用管理、促进科研事业健康发展的长效机制。
2012年以来，教育部查处了14起国家审计署移送的高校教师挪用、贪污科研经费案件，7人移送司法机关，3人受到党政纪处分，挽回经济损失2678.55万元。注重发挥办案治本功效，结合案件查处，深入分析发案原因，查找体制、机制、制度漏洞，开展警示教育、法纪教育，提高科研人员法纪意识。
2009年开始，我们对高校科研管理现状、发展形势进行深度调研，了解科研人员诉求，查找制约发展的因素，探索科学的监管方式。2011年，制定加强高校科研经费管理五年工作计划，印发《教育部关于进一步贯彻执行国家科研经费管理政策加强高校科研经费管理的通知》，启动创新高校科研经费管理试点工作。2012年，制定《教育部关于进一步加强高校科研项目管理的意见》、《教育部财政部关于加强中央部门所属高校科研经费管理的意见》、《教育部关于进一步规范高校科研行为的意见》（以下简称三个《意见》），初步形成覆盖项目管理、经费管理、人员管理“三位一体”的制度框架；召开了加强高校科研经费管理视频会议。
2013年确定为“教育经费管理年”，组织75所部直属高校开展科研经费管理自查自纠，自查发现1377个项目存在违规问题，涉及资金3693.9万元，违规资金已全部上交学校财务。在学校自查基础上，我们组织专项检查，上半年完成对38所直属高校的检查。对抽检中发现的违规违纪问题，由纪检监察部门立案调查。结合教育实践活动，组织召开了加强高校科研管理工作研讨会议，传达中央领导同志有关批示和教育部党组要求，分析当前高校科研经费管理面临的形势和任务，进一步部署科研监管工作。
2011年起，面向全国高校和科研机构的研究生宣讲科学精神、科学道德、科学伦理和科学规范。2012年，宣讲教育从自然科学领域拓展到人文社科领域，从研究生拓展到高年级本科生、新入职教师、新上岗导师和青年科技工作者。我们将用2至3年时间，分类分层次对全国高校分管科研和财务的负责人、重大项目负责人进行教育培训。
从调研、办案和检查情况看，高校科研经费使用管理中存在一些突出问题。部分项目负责人利用科研经费预算编制、科研活动总体把握、经费分配管理等便利，违规操作，谋取私益。一是虚报冒领；二是通过外协套取科研经费；三是预算编制较为粗放，经费支出的随意性较大。高校科研管理方面也存在问题。一是学校、二级院系及科研项目负责人管理责任落实不到位；二是管理制度不健全；三是经费支出把关不严格。
通过调研、检查和座谈，目前已经形成了国家层面的规范高校科研经费管理的意见建议，并总结提炼了部分高校科研经费管理的成功做法。下一步教育部将认真贯彻中央要求，坚持对科研人员负责、对科研和教育事业负责，加强与国家有关部门的协作，完善机制和制度建设，推动高校落实整改工作，尤其做好下半年37所高校的检查，将其纳入群众路线教育实践活动，充分吸收各方面意见建议，增强检查实效，不断规范高校科研经费管理，健全科研经费监督体系，建立长效机制，遏制高校科研方面问题多发的现象。
